A J1939 és az NMEA 2000 egyaránt a Controller Area Network (CAN) buszprotokollon alapul, és sok hasonlóságot mutatnak, de van néhány fontos különbség is.
A J1939 egy nehéz tehergépjárművekhez és ipari alkalmazásokhoz tervezett protokoll, míg az NMEA 2000 egy kifejezetten tengeri alkalmazásokhoz tervezett protokoll. Bár mindkét protokoll ugyanazt a mögöttes CAN-busz technológiát használja, van néhány lényeges különbség a továbbított adattípusok, a használt eszközök típusa és a hálózatok konfigurálása tekintetében.
Az egyik fő különbség az eszközök hálózaton történő megszólításának módja. A J1939-ben minden eszközhöz egyedi cím van hozzárendelve, míg az NMEA 2000-ben minden eszközhöz egyedi azonosító van hozzárendelve a típusa alapján, és az üzenetek meghatározott típusú eszközökhöz kerülnek, nem pedig meghatározott címekre.
Egy másik különbség a támogatott üzenettípusok. A J1939 üzenettípusok széles skáláját támogatja a különböző típusú adatokhoz, míg az NMEA 2000 elsősorban a tengeri adatokra összpontosít, például a navigációs, motor- és időjárási adatokra.
Végül különbségek vannak a két protokollhoz használt fizikai csatlakozókban és kábelezésben. A J1939 általában Deutsch csatlakozókat és nagy teherbírású kábelezést használ, míg az NMEA 2000 kisebb, vízálló csatlakozókat és vékonyabb kábeleket használ, amelyeket tengeri környezetben való használatra terveztek.
